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在罗马时代，农民就发现在种植过豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮。并于1843年建立了一个农业试验站，对各种轮作制中作物产量和成分进行了较为精的分析。

有机肥俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。

另外还包括饼肥（菜籽饼、棉籽饼、豆饼、芝麻饼、蓖麻饼、茶籽饼等）；堆肥；沤肥；厩肥；沼肥；绿肥等。

主要是以供应有机物质为手段，借此来改善土壤理化性能，促进植物生长及土壤生态系统的循环。

有机肥具体可以分为以下几类：

农业废弃物

比如秸秆、豆粕、棉粕等。

畜禽粪便

比如鸡粪、牛羊马粪、兔粪；

工业废弃物

比如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、***渣等；

生活垃圾

比如餐厨垃圾等；

城市污泥

比如河道淤泥、下水道淤泥等。 有机肥原料生产供应基地分类大全：蚕沙、蘑菇菌渣、海带渣、磷柠檬酸渣、木薯渣、蛋白泥、糖醛渣、氨基酸腐植酸、油渣、草木灰、贝壳粉等，兼营、花生壳粉等。

生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。

生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥好单独施用。